Le professeur Chandra Suresh défend une théorie selon laquelle, l'homme n'utiliserait que 10 % des capacités de son cerveau et que certaines personnes seraient en ce moment même en train de développer les 90 % restants et acquérir des pouvoirs comme la lévitation ou la régénération cellulaire. Les autres chercheurs ne le croient pas, il décide alors de chercher puis de rencontrer ces personnes aux pouvoirs surnaturels pour leur expliquer le phénomène qui s'exprime en eux jusqu'à ce qu'il disparaisse. Son fils (Mohinder Suresh) va alors reprendre la recherche...
À Tokyo, un Japonais (Hiro Nakamura) découvre qu'il est capable de courber l'espace-temps et de se téléporter. À New York, un artiste (Isaac Mendez) peut peindre le futur, un politicien (Nathan Petrelli) est capable de voler tandis que son frère (Peter Petrelli) a la capacité de s'approprier les pouvoirs des autres Heroes lorsqu'ils sont à proximité. À Los Angeles, un policier (Matt Parkman) découvre qu'il est en mesure d'entendre les pensées des gens. Au Texas, une pom pom girl (Claire Bennet) découvre qu'elle a le pouvoir de régénérer ses cellules à vitesse accélérée. Au Nevada, une mère célibataire (Niki Sanders) réalise qu'elle a un puissant double maléfique… Les Heroes sont partout, on en découvre de plus en plus au fil des épisodes.
Heroes est une chronique de la vie de ces personnes, de leurs liens et de leur destinée : sauver le monde de l'explosion qui menace. Finalement, on découvre que c'est Peter, le plus puissant d'entre eux, qui va exploser à Kirby Plaza, causant des milliers de morts, mais Nathan, son frère, le prend dans ses bras et s'envole loin pour empêcher le drame.
